Lors de l'endoscopie gastro-intestinale, les endoscopes sont exposés aux millions de bactéries qui constituent la flore intestinale. Contrairement aux dispositifs « critiques » (tels que les laparoscopes), qui nécessitent une stérilisation car ils pénètrent dans la cavité stérile, les endoscopes sont toujours classés comme des dispositifs « semi-critiques » selon la classification de Spaulding qui date de 1968. Les endoscopes flexibles ne sont pas adaptés à la stérilisation à la vapeur. Une procédure de retraitement peut être réalisée par un nettoyage détergent et une désinfection de haut niveau. Depuis 2012, des infections aux entérobactéries résistantes aux carbapénèmes dans le cadre de l’utilisation de duodénoscope ont été décrites par les organismes américains, Center for Disease Control et Food and Drug Administration, en raison d'épidémies survenues aux États-Unis. Dans de nombreux cas, l'épidémie est survenue malgré le respect apparent de la procédure de retraitement. Ces preuves suggèrent qu'une surveillance microbiologique accrue et une optimisation de la conception des endoscopes pourraient permettre de minimiser la transmission des infections.